常見的不良反應(yīng)是蕁麻疹，無須停藥，癥狀可以自行消失，可應(yīng)用抗組胺藥或糖皮質(zhì)激素或者更換抗甲狀腺藥。其他不常見的不良反應(yīng)還有關(guān)節(jié)痛、感覺異常、頭痛、惡心、皮膚色素沉著以及脫發(fā)。藥物熱、肝炎、腎炎比較少見.抗甲狀腺藥的最嚴重不良反應(yīng)是粒細胞缺乏。該不良反應(yīng)與甲巰咪唑呈劑量依賴性。停藥后，粒細胞缺乏是可逆的。粒細胞缺乏多發(fā)生在治療的最初數(shù)周，也可能之后發(fā)生，喉痛或發(fā)熱可能是該反應(yīng)的先兆。因此，有必要經(jīng)常檢測白細胞。
藥物性肝臟損害：肝臟毒性反應(yīng)是抗甲狀腺藥物的另一種重要不良反應(yīng)。甲巰咪唑和丙硫氧嘧啶肝臟毒性反應(yīng)機制各不相同，因此，發(fā)生肝損害時可以慎重選用另一種藥治療甲亢。
中性粒細胞胞質(zhì)抗體陽性的血管炎：丙硫氧嘧啶治療時比甲巰咪唑治療時更常見。其臨床特征包括：急性腎功能衰竭、關(guān)節(jié)炎、皮膚潰瘍、脈管炎性皮疹、上下呼吸道癥狀（包括鼻竇炎、咯血），通常停藥后可緩解。嚴重病例則需要進一步治療。
