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預防肺栓塞主要的藥物有肝素和華法林,普通肝素靜脈給藥盡快使ATPP達到維持正常值1.5到2.5倍,在使用肝素過程中必須復查血小板計數,復查時間在使用肝素的第3到5天,7到10天和14天,若血小板持續在30%以上停用肝素。

華法林常用方法是在肝素開始應用的第1到3天加用口服抗凝劑華法林,兩藥重疊應用4到5天,等連續兩天測定的國際化比例達到2.5時可停肝素。

單服華法林療程至少3到6個月,在治療中主要的并發癥是出血,一旦發生出血可給與維生素k拮抗。

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