強直性脊柱炎的病因目前尚不十分清楚,其發病與以下一些因素相關,首先是在一個家族中常有兩個以上的成員發生強直性脊柱炎,家系調查發現在強直性脊柱炎患者的第一代親屬中,發生強直性脊柱炎的危險性比一般人群高出二十到四十倍,孿生子女的調查中發現,單卵雙生中另一個患病可能性超過50%。
其次,近年的研究認為,該病的發生可能與感染有一定關系,強直性脊柱炎患者大便培養,肺炎、克雷伯桿菌陽性率可以達79%,而在正常人群中為30%左右,說明患者肺炎克雷伯桿菌感染的頻率明顯高于正常人。
另外還發現強直性脊柱炎患者血清,抗肺炎,克雷伯桿菌抗體水平明顯升高,柳氮磺胺吡啶治療脊柱炎受到較好的療效,也進一步支持腸道感染與強直性脊柱炎有一定的關系,此外還發現免疫,環境等因素也可導致發病。