精神發(fā)育遲滯病因復雜，約20%的精神發(fā)育遲滯是由環(huán)境因素引起，25%由染色體異常或者是基因異常引起，一半以上的病人找不出確定的原因。
一、遺傳異常。
主要是由基因和染色體異常所致的神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育不良、畸形或先天性代謝性疾病，如Turner綜合征、苯丙酮尿癥、半乳糖血癥、家族性黑蒙性癡呆等等。
二、胎兒期異常。
妊娠前三個月是胎兒神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)初步形成階段，容易遭受致病因素的損害而導致明顯畸形，在胎兒期母體的感染、服藥、酗酒、營養(yǎng)不良、腹部外傷或放射線照射、精神活性物質(zhì)中毒、甲狀腺功能低下等內(nèi)分泌疾病，妊娠毒血癥、營養(yǎng)不良、缺氧等嚴重疾病，均可以是精神發(fā)育遲滯的病因。
三、圍產(chǎn)期疾病。
包括早產(chǎn)、難產(chǎn)、分娩過程中腦損傷、新生兒窒息以及核黃疸等，早產(chǎn)出生時腦損傷、缺氧、窒息是否引發(fā)精神發(fā)育遲滯還存在爭執(zhí)。
四、出生后疾病。
出生后到小學年齡階段，致病因素在這個期間內(nèi)造成的腦損傷，致病原因很多，比如感染、顱腦外傷、中毒、癲癇、營養(yǎng)不良、內(nèi)分泌或者是代謝性疾病，以及疫苗接種后腦炎等等。
